ソースコードからコメントを取り除くのは実は難しいです。
95%の単純なコメントは苦も無く取り去ることができますが、やっかいなパターンがあります。
C言語でいうと、次のような行のコメントだけ取り除くロジックが書けますか？


\でクォーテーションがエスケープされているケースもあります。
さらに、今回はC言語ということですから対象外かもしれませんがC#を考えると、@"…"のケースやXMLコメントのケースなど考慮すべきことがたくさんあります。


という困難な状況はひとまず置いておいて95%の単純なコメントを除去するプログラムです。
改行の位置を自分で調べるのではなく、最初から１行ずつ読んできたほうが楽です。
なので、修正というかほとんど作り変えてしまいました。

  

Dim sjis As System.Text.Encoding = System.Text.Encoding.GetEncoding("shift_jis")

Dim reader As New IO.StreamReader("C:\test\test.txt", sjis)

Dim writer As New IO.StreamWriter("C:\test\result.txt", False, sjis)



Do Until reader.EndOfStream



    '対象から１行読む 

    Dim sourceLine As String = reader.ReadLine



    '//の位置を取得 

    Dim pos As Integer = sourceLine.IndexOf("//")



    Dim targetLine As String

    If pos >= 0 Then

        '//が存在するならば、そこまでの文字列を切り抜く。 

        targetLine = sourceLine.Substring(0, pos)

    Else

        '//が存在しないならば、読み込んだ行全体が書き込む対象となる。 

        targetLine = sourceLine

    End If



    '書き込み 

    writer.WriteLine(targetLine)

Loop



reader.Close()

reader.Dispose()



writer.Close()

writer.Dispose()