現在は、ini ファイルの利用はあまり推奨されていませんが、特に廃止されたわけではないので、
GetPrivateProfileInt も GetPrivateProfileString も使用できるはずですよ。
記述しているコードに誤りがあるのでは無いでしょうか?
http://msdn.microsoft.com/ja-jp/library/cc440869.aspx

なお、VB6 以前と VB.NET以降とでは、各種 API の呼び出し構文が異なりますし、
VB.NET にしても、Windows ME と Windows XP とでは文字列の扱いに差異があるのと、
32bit OS と 64bit OS の違いがありえます。サンプル等を流用する場合には、注意してください。
http://www5b.biglobe.ne.jp/~yone-ken/VBNET/special/sp06_GetPrivateProfileString.html
http://www5b.biglobe.ne.jp/~yone-ken/VBNET/Reference/ref2_GetPrivateProfileString.html


> もう使えなくなっているのでしょうか？
いつと比較しているのか、あるいは何と何を比較しているのかにもよりますが、
CE.NET の場合、GetPrivateProfileString 等の API は実装されていません。