>ブラウザコントロールだけに、標準のブラウザとして作成したアプリケーションを設定するのは無理なのでしょうか？  
はい。理由はわかりませんが無理なようです。(100%断言はできません) 
 
以下のサイトも合わせてご覧ください。 
http://www.atmarkit.co.jp/fdotnet/dotnettips/658geckobrowserctrl/geckobrowserctrl.html