String.Insert(Integer,String)
か
StringBuilder.Insert(Integer,String)
なんて如何でしょうか。

Private Sub Button1_Click(ByVal sender As System.Object, ByVal e As System.EventArgs) Handles Button1.Click

    Dim r As New System.Text.StringBuilder(Me.TextBox1.Text)

    For i As Integer = 3 To r.Length + (r.Length / 3) - 2 Step 4

        r.Insert(i, ",")

    Next

    Me.TextBox1.Text = r.ToString()

End Sub