すみません、ちょっとわかりにくい気がしたので書き直しました。

Private Sub Button1_Click(ByVal sender As System.Object, ByVal e As System.EventArgs) Handles Button1.Click

    Dim stp As Integer = 3

    Dim r As New System.Text.StringBuilder(Me.TextBox1.Text)

    For i As Integer = stp To r.Length + (r.Length / stp - 1) - 1 Step stp + 1

        r.Insert(i, ",")

    Next

    Me.TextBox1.Text = r.ToString()

End Sub

(r.Length / stp - 1)で","を挿入することによって増える文字数を計算してます。
その後の-1は末尾に","が追加されるのを防ぐためです。
stp + 1 の 1 は、ループ内で挿入した","の分もステップするためです。