VB6とVB2005・VB2008などは共存可能で特に気をつけることはありません。 
 
確認しますが、 
VB2005で新規にプロジェクトを作成し、 
何も設定・プログラムなどしない状態でF5を押すと、 
それだけで最初のエラーがでるのですね？ 
 
プロジェクトの種類はなんでしょうか？ 
Windowsアプリケーションやクラスライブラリなどいくつかあると思いますが･･･。 
 
最終的にはマイクロソフト問合せになるかもしれませんね。