起動時/終了時の自動更新機能を使う代わりに、 
コードで更新処理を行ってみては如何でしょう。 
http://msdn.microsoft.com/ja-jp/library/ms228671.aspx 
 
そしてその更新処理の前には、WNetAddConnection2 API 等で 
サーバへの接続処理を入れておけば、問題は解決するかと。