の設定を調べてないので、そこは確認して欲しいんだけど、 
フォーム起動になっている Windowsアプリケーションの場合、最初に起動する 
フォームを『スタートアップフォーム』と呼んで、これが閉じるとプログラムが 
終了するようになってます。 
 
で、プロジェクトの右クリックから[プロパティ]で [シャットダウン モード] を 
「スタートアップ フォームが閉じるとき」から「最後のフォームが閉じるとき」 
に変更出来るはず。 
すると全てのフォームが閉じられるまでプログラムが終了しなくなります。 
 
他にも Sub Main 起動に変えて、フォームを全て親クラスが管理するという 
ような設計も出来ます。このあたりの手法は上級者が自分の思い通りにフォームを 
管理する際に利用されています。上記の機能を自分の書いたコードで制御するわけです。 
 
[参考リンク] 
http://homepage1.nifty.com/MADIA/vb/vb_bbs2/200705/200705_07050046.html