質問の意味理解しました。 
 
つまり、 
自分でフォームに貼り付けたWebBrowserだから、リンク先を開く際も自分のフォームの中で開いてほしいのに、外部に別にIEが起動してその中に開いてしまうときがある 
ということですね･･･。 
 
よく読めば確かにそのように読めます。読解力がなかったです。 
 
ただ、ずばりな解決法はちょっと思いつきません。 
ProtectedなメソッドにOnNewWindowはありますが、キャンセルできるだけですね。 
魔界の仮面弁士さんがいろいろな情報を提供してくださっているので参考になりそうです。 
わからなければまた質問してください。 
(力になれない可能性もありますが)