こんにちは。
VistaとXPとで反応が異なるという話は私は効いたことがないです。

まだ情報が足りないです。
特にVistaとXPでの違いを確認するためにはどのような手順で操作すればよいでしょうか？
再現可能なコードと手順の両方があれば手がかりになります。

たとえば、以下のコードでも再現しますか？

Private Sub Form1_Load(ByVal sender As System.Object, ByVal e As System.EventArgs) Handles MyBase.Load

      

        Dim table As New Data.DataTable



        table.Columns.Add("名前", GetType(String))

        table.Columns.Add("英語", GetType(Integer))

        table.Columns.Add("国語", GetType(Integer))

        table.Columns.Add("数学", GetType(Integer))

        table.Columns.Add("備考", GetType(String))



        table.Rows.Add("徳川家康", 90, 85, 65, "aaa")

        table.Rows.Add("豊臣秀吉", 55, 85, 70, "")

        table.Rows.Add("織田信長", 82, 90, 85, "")

        table.Rows.Add("松永久秀", 80, 80, 80, "")



        DataGridView1.DataSource = table



    End Sub



    Private Sub Button1_Click(ByVal sender As System.Object, ByVal e As System.EventArgs) Handles Button1.Click



        If Me.DataGridView1.CurrentCell.Value = Nothing Then

            MsgBox("Nothingです。")

        Else

            MsgBox("Nothingではないです。")

        End If



    End Sub

このコードを実行すると1行目の５列目をクリックしてから、Button1をクリックすると「Nothingではないです」、2行目の５列目をクリックしてから、Button1をクリックすると「Nothingです」と表示されますか？

それから、 = Nothing という記述は一般的ではありませんし、紛らわしい場合があるので辞めておいた方が良いです。
fredeeさんのコードでは意味的には = "" がふさわしいと思います。
Nothingは意味的には "" と異なっており、 = Nothingと記述した場合の動作はNothingの意味から考えるとやや特殊なのでこのように記述しないことが多いです。