プロジェクト自体を分割するというのはどうでしょうか？ 
 
規模が大きなシステムでは複数のプロジェクトを作成してソリューションレベルで統合するという手法が一般的です。 
 
プロジェクトの分け方は業務レベルではサブシステムごとに分けることが多いですし、アーキテクチャの観点からはプレゼンテーション層・ビジネスロジック層・データアクセス層などに分けるスタンスが一般的なようです。 
 
ユーティリティ系・フレームワーク系のロジックも巨大になるのであればやはりサブシステムごとに区切って分けていいと思います。 
 
このように分けておくとプロジェクト内のファイル数は減るので見つけやすさは向上します。 
 
ソースコードレベルでは１ファイル１クラスとか、XMLコメントをつけるとか普通(?)の対策以外は私は特にとっていません。 
 
あ、あと、プロジェクト内にフォルダを追加できるので、ファイルをフォルダに分けると整理できます。これはやってます。