回答ではないです。

オニオンライスさんはデスクトップのアイコンの情報がどこに保存されているかご存知ですか？

その保存されている場所の情報をVBで書き換えればアイコンの位置を移動できると思うのですが、
私はアイコンの情報がどこに保存されているかわからないため具体的なプログラムを紹介することができません。

また、アイコン情報が保存されている場所が分かっても、その場所がVBからアクセスできないか、しにくいような仕組みになっている場合にはVBでのプログラムはあきらめた方が良い場合もあります。

いずれにせよ、デスクトップのアイコンの情報がどこに保存されているかわからないと話がはじまらないです。
レジストリかなと思って覗いてみましたが、ちょっと見た限りではそれっぽい情報はありませんでした。