根本的に，ファイルの「行」という単位で書き換える方法はありません。
全部読み込んで，必要な部分をメモリ上で書き換えて，書き込む，というのが基本です。
# サイズによっては別ファイルに別途書き込んでいく方がよいかもしれない。

今回の場合，サイズが変わらないのでバイナリで取り扱えばできなくもないですが……。