>全部読み込んで，必要な部分をメモリ上で書き換えて，書き込む
をできるだけ楽して書くとこんな感じです。

Dim lines() As String = IO.File.ReadAllLines("C:\vb\test.txt")

lines(1) = "い"

lines(2) = "う"

IO.File.WriteAllLines("C:\vb\test.txt", lines)

ファイルの読み書きでは文字コードを指定しないとUTF-8として扱われるので注意してください。
上記の例は文字コードを指定していないので読み込みも書き込みもUTF-8で行います。