読み込み中に必要な部分だけを読み込み不要な部分を
とばしてすべて読み込んだら書き戻すとよいかと思います。

大きなファイルだとするとある程度読み込んだら別のファイルへの
書き込みを行うのを繰り返し全ての読み書きしたら元のファイルを消して
別に作ったファイルの名前を変更するとよいかと思います。