マネージドDLLでプラグインを作って差し替えるとか。(プラグインのビルドは必要)
http://dobon.net/vb/dotnet/programing/plugin.html
変更の可能性がある部分をIronPythonで書くとか(ビルドは不要だけどPythonの知識が必要)
http://codezine.jp/article/detail/2187?p=1

僕がぱっと思い付くのはこれくらいです。