いろいろな方法がありますが、一例として。

Public Class Form1

    Private WithEvents dgv As DataGridView



    Private Sub Form1_Load(ByVal sender As Object, ByVal e As EventArgs) Handles Me.Load

        dgv = New DataGridView()

        dgv.AllowUserToAddRows = False

        'dgv.EditMode = DataGridViewEditMode.EditOnEnter 

        dgv.ColumnCount = 5

        dgv.RowCount = 100

        dgv.Dock = DockStyle.Fill

        dgv.DefaultCellStyle.BackColor = Color.Yellow

        dgv.DefaultCellStyle.SelectionBackColor = Color.Khaki

        Controls.Add(dgv)

    End Sub



    Private Sub dgv_CellFormatting(ByVal sender As Object, _

            ByVal e As DataGridViewCellFormattingEventArgs) Handles dgv.CellFormatting

        If e.RowIndex >= 0 AndAlso (e.RowIndex \ 2) Mod 2 = 0 Then

            e.CellStyle.BackColor = Color.GreenYellow

            e.CellStyle.SelectionBackColor = Color.LightGreen

        End If

    End Sub

End Class

上記のほか、「dgv.Rows( 行位置 ).DefaultCellStyle」をループ処理でセットするという方法もあります。
(ただしこの場合、ソート機能を使う場合は、並び替え処理後にスタイルの再セットが必要です)

あるいはスタイルを使う代わりに、RowPrePaint イベントに背景の描画処理を記述することも
できます。(この方法は、背景色をグラデーション表示させたい場合などに適しています)