行選択も2行1組単位で行わせるのだとすれば、
　(案1)2行で1レコードとするのではなく、1行内に2行分のデータを独自に描画する。
　(案2)行が選択されたタイミングで、隣の行の背景色を変更する。
　(案3)行が選択されたタイミングで、隣の行も一緒に選択させるようにする。
といった対処方法が思いあたります。

細かい動作チェックやパフォーマンス測定は行っていませんが、参考になれば。

'案2：隣接行の拝啓 

Public Class Form1

    Private WithEvents dgv As DataGridView



    Private Sub Form1_Load(ByVal sender As Object, ByVal e As EventArgs) Handles Me.Load

        dgv = New DataGridView()

        dgv.AllowUserToAddRows = False

        'dgv.EditMode = DataGridViewEditMode.EditOnEnter 

        dgv.SelectionMode = DataGridViewSelectionMode.FullRowSelect

        dgv.ColumnCount = 5

        dgv.RowCount = 100

        dgv.Dock = DockStyle.Fill

        Controls.Add(dgv)

    End Sub



    Private Sub dgv_CellFormatting(ByVal sender As Object, 

             ByVal e As DataGridViewCellFormattingEventArgs) Handles dgv.CellFormatting

        If e.RowIndex < 0 OrElse e.ColumnIndex < 0 Then

            Return

        End If



        Dim pos As Point = dgv.CurrentCellAddress

        Dim recordRows As New List(Of Integer)() From {pos.Y, pos.Y + If(pos.Y Mod 2 = 0, 1, -1)}

        If recordRows.Contains(e.RowIndex) Then

            e.CellStyle.BackColor = If((e.RowIndex \ 2) Mod 2 = 0, Color.LightGreen, Color.Khaki)

        Else

            e.CellStyle.BackColor = If((e.RowIndex \ 2) Mod 2 = 0, Color.GreenYellow, Color.Yellow)

        End If

        e.CellStyle.SelectionBackColor = e.CellStyle.BackColor

    End Sub



    Private Sub dgv_RowEnter(ByVal sender As Object, ByVal e As DataGridViewCellEventArgs) Handles dgv.RowEnter

        dgv.Invalidate()

    End Sub

End Class

'案3 

Public Class Form1

    Private WithEvents dgv As DataGridView



    Private Sub Form1_Load(ByVal sender As Object, ByVal e As EventArgs) Handles Me.Load

        dgv = New DataGridView()

        dgv.AllowUserToAddRows = False

        'dgv.EditMode = DataGridViewEditMode.EditOnEnter 

        dgv.SelectionMode = DataGridViewSelectionMode.FullRowSelect

        dgv.ColumnCount = 5

        dgv.RowCount = 100

        dgv.MultiSelect = True

        dgv.Dock = DockStyle.Fill

        dgv.DefaultCellStyle.BackColor = Color.Yellow

        dgv.DefaultCellStyle.SelectionBackColor = Color.Khaki

        Controls.Add(dgv)

    End Sub



    Private Sub dgv_CellFormatting(ByVal sender As Object, _

             ByVal e As DataGridViewCellFormattingEventArgs) Handles dgv.CellFormatting

        If e.RowIndex >= 0 AndAlso (e.RowIndex \ 2) Mod 2 = 0 Then

            e.CellStyle.BackColor = Color.GreenYellow

            e.CellStyle.SelectionBackColor = Color.LightGreen

        End If

    End Sub



    Private Sub dgv_RowEnter(ByVal sender As Object, _

            ByVal e As DataGridViewCellEventArgs) Handles dgv.RowEnter

        Dim pairRow As Integer = e.RowIndex + If(e.RowIndex Mod 2 = 0, 1, -1)

        dgv.ClearSelection()

        dgv.Rows(e.RowIndex).Selected = True

        dgv.Rows(pairRow).Selected = True

    End Sub

End Class

> しかし、レコードを選択したときの偶数行のとき背景色が変わりません。
各行の SelectionBackColor および BackColor の設定を見直してみては如何でしょう。