かなり大雑把ですね。もう少し具体的にお願いできませんか？

>2つのPictureBoxで片方を答案用紙
とりあえず文字を描画するにはDrawStringで行うことができます。
答案用紙はPictureBoxでなくいくつかのLabelをコード上で生成したほうがいいかもしれませんが。
どちらにしろ文を描画するのにどこで改行すればいいか、シールを入れるための空白の位置というのを判断する必要があります。

>片方をシール形式の答えを用意し、マウスを使ってシールを貼ったりはがしたり
PictureBoxを移動させるというのがいいと思います。たしか移動させるスレがこの掲示板にあったはずです。

>シールと答案用紙の座標認識が必要
座標認識はかなり難しいと思います。シールをあてはめ、固定するにはシューティングゲームで言う当たり判定を実装すればいいかと。数学が必要ですね

簡単なものですが、
第 5 章 単語帳を作ろう
http://www.microsoft.com/Japan/msdn/archive/student/challenge/chap5_vb/default.aspx
もご参考に。