みなさん、回答ありがとうございます。

コマンドプロンプトで、
CMD "c:\Program Files\Microsoft Visual Studio 9.0\Common7\IDE"
とすると、エラーが出ますが、
CMD "c:\Program Files\Microsoft Visual Studio 9.0\Common7\IDE\"
とすると、ちゃんと起動しました。

コマンドも打って、初期設定のダイアログがでてきて、初期化は終わったと思うのですが、
改善されません。

念のため、現状況の動画を作りました。見づらくてすいません＞＜
http://youtu.be/RLIEUID6_ww