Xa,Yaというのは実座標１あたりのピクセル数でよいのでしょうか？

だとすると
Xn = XMax / Xa　がピクチャーボックス内に配置できるｘ座標数になり
Yn = YMax / Ya　がｙ座標数になります。

原点をピクチャーボックスの中心に持ってくると
(Xg, Yg) =(Xn / 2 * Xa, Yn / 2 * Ya)
が原点に対応します。

Transを使用しないと
座標（Xi , Yi)
は
(Xg + Xi * Xa, Yg - Yi * Ya)
に配置されることになります。

ピクチャーボックス上のX座標
XPi
は
実座標、（XPi - Xg） / Xa　に対応することになります。