> Xa,Yaはこのときグラフを描くときの倍率を表しています．
> Xa=6は横の倍率，Ya＝6は縦の倍率を表しています． 
倍率？？？
解像度が変わったらディスプレイ上の長さが変わりますが、
プログラム上は同じ数値です。
倍率はどうなりますか？
基準の決まっていない倍率は意味がないのでは？
では、基準(１倍)はどう決めていますか？
質問者が決める必要のある、答えの決まっていない内容
ですので、それをまず示すべきかと。

そもそも
PictureBoxの座標はどんなものですか？
座標を合わせるとはどういうことをすることですか？
ちゃんと説明できれば、内容的には中学校の数学で
習ったであろう相似形の座標計算レベルの話です。
分からないのであれば、質問よりは学習するだけの話
ですが。