VB上で実行するときも必ず一度exe(実行ファイル)にしてから実行しています。
ですので、VB上で実行すればexeファイルもできていてただその場所を認識していないだけだと思います。

EXEファイルができる場所は、プロジェクトの名前がWindowsApplication1とすると、以下のようなフォルダーの階層のDebugフォルダまたはReleaseフォルダにexeが作成されます。


WindowsApplication1.vshost.exeという紛らわしい名前のファイルもできていますが、これは違うので気を付けてください。

このあたりの事情は入門講座第10回でふれています。
http://homepage1.nifty.com/rucio/VBNyumon/BEGIN10.htm