>      bord.BordStones = bords.BordStones   <-引数で受け取ったStoneクラスを代入しました。

この代入式により、bord.BordStones とbords.BordStonesは、当然、同じStone クラスのインスタンスを指すことになります。
なので、魔界の仮面弁士さんの指摘のように、クラスの値をひとつずつコピーする（あるいはStone クラス内に
コピーを行うメソッドを作成する）必要があります。