ExtFloodFillだけだと塗る色（ブラシ）の指定が足りません。

http://social.msdn.microsoft.com/Forums/ja-JP/vbgeneralja/thread/7c8902d3-37d9-49a7-bdc0-792f9d99b3c7/
に似たような投稿があり解決されているようです。

一応サンプルです。hdc取得はGraphicsが扱える状態であればAPIはいらないです。

Imports System.Runtime.InteropServices



Public Class Form1



    Private Const FLOODFILLBORDER As UInteger = 0   ' 境界色を目印にして塗りつぶすとき 

    Private Const FLOODFILLSURFACE As UInteger = 1  ' 領域色を目印にして塗りつぶすとき（複数色の境界色で囲まれているときなど） 



    Private Structure LOGBRUSH

        Public lbStyle As Integer

        Public lbColor As Integer

        Public lbHatch As Integer

    End Structure



    Private Declare Function CreateBrushIndirect Lib "gdi32" (ByRef lpLogBrush As LOGBRUSH) As IntPtr



    Private Declare Function SelectObject Lib "gdi32" (ByVal hdc As IntPtr, ByVal hObject As Integer) As <MarshalAs(UnmanagedType.Bool)> Boolean

    Private Declare Function DeleteObject Lib "gdi32" (ByVal hObject As IntPtr) As <MarshalAs(UnmanagedType.Bool)> Boolean



    Private Declare Function ExtFloodFill Lib "gdi32" _

                   (ByVal hdc As IntPtr, _

                    ByVal X As Integer, _

                    ByVal Y As Integer, _

                    ByVal crColor As Integer, _

                    ByVal wFillType As UInteger) As Boolean



    Private ClickPT As Point = New Point(-1, -1)



    Private Sub PictureBox1_Click(ByVal sender As Object, ByVal e As System.EventArgs) Handles PictureBox1.Click

        ClickPT = PictureBox1.PointToClient(Control.MousePosition)

        PictureBox1.Refresh()

    End Sub



    Private Sub PictureBox1_Paint(ByVal sender As Object, ByVal e As System.Windows.Forms.PaintEventArgs) Handles PictureBox1.Paint

        Dim g = e.Graphics



        For i = 0 To 5

            g.FillRectangle(Brushes.Black, i * 35 + 5, 5, 30, 30)

        Next



        If ClickPT.X >= 0 AndAlso ClickPT.Y >= 0 Then

            Dim hdc = g.GetHdc

            Dim brs As New LOGBRUSH

            brs.lbColor = ColorTranslator.ToWin32(Color.Red)

            brs.lbHatch = 0

            brs.lbStyle = 0



            Dim hNewBrush = CreateBrushIndirect(brs)

            Dim hOldBrush = SelectObject(hdc, hNewBrush)



            ExtFloodFill(hdc, ClickPT.X, ClickPT.Y, 0, FLOODFILLSURFACE)

            g.ReleaseHdc()

            DeleteObject(hNewBrush)

        End If



        ClickPT = New Point(-1, -1)



    End Sub

End Class