こんにちは


MSDNのFileSystem.WriteAllText メソッド の
オーバーロードに
WriteAllText(String, String, Boolean, Encoding) ファイルにテキストを書き込みます。 
ってのがありますが、これじゃだめなんですか？Encodingの指定をするだけです。

My.Computer.FileSystem.WriteAllText メソッド 

の

Public Sub WriteAllText( _

   ByVal file As String, _

   ByVal text As String, _

   ByVal append As Boolean, _

   ByVal encoding As System.Text.Encoding _

)

の方です。