ミミガーさんが書かれている，DataTbleを使うのが一番簡単だと思いますが……。

一行読んで，
・存在しない教科 (列名) であれば，列を追加する
・存在しない名前 (行の名前列を検索) であれば，行を追加する
・一致する行と列の場所に得点を設定する
を繰り返して最終的なデータを作り，それを元にCSVを書くことになります。

Dictionary(Of String, Dictionary(Of String, Integer))
でも作れなくはないと思いますが……。
# 教科の扱いが面倒になるので……。