コードの難読化で期待できることは、アルゴリズムの解析を遅らせるだけですよ。
いつかはバレます。それも比較的早いうちに。

ですから、超重要なプログラムであれば、スパイの暗号のようなコードを書いて
敵（？）の目をくらませることができるのですが、労力の割には効果が薄いので、
たとえばパスワード認証の部分だけわけわからなくさせるようなコードにするとか、
要所で行うのが良いと思います。

難読化とは、要するに、人間は読みづらいコードなんだけどコンパイラでは通るコード
のことをいいます。スパゲッティプログラムが簡単な例です。