こんにちは。

●１
PictureBoxを透明にして後ろのものが透けて見える状態にすることはできません。
透明でグラフィックを重ねたい場合はすべてを１つのPictureBoxの中で処理する必要があります。
PictureBox以外の選択肢もありますが事情はかわりません。

２つ画像を重ねて透明な部分は下が見えるようにする例は以下で紹介しています。
http://homepage1.nifty.com/rucio/main/dotnet/Samples/Sample140ImageTransparent.htm
この例はVB2010でも使用できます。
VB2002(VB.NET)以降のサンプルはごくわずかな例外を除いてVB2010でも使用できます。

●２
それから、私は未確認ですが２つのPictureBoxが親子関係にある場合は、透過させることは可能なようです。
この話は下記投稿で説明されていますので参考にしてください。
http://rucio.cloudapp.net/ThreadDetail.aspx?ThreadId=9301

●１の手法は応用が利きます。●２の手法はこの手法が使えるケースであれば問題を簡単に解決してくれそうです。