VisibleChanged内で
・MessageBox APIを実行
・Formを作ってShowDialog(Me)を実行
のどちらでもShownがOnVisibleChanged終了より前に動く，ということから，APIレベル，DialogBox系APIの内部動作が関係していそうです。

VisibleChangedに入った後から，OnShownまでにWndProcメソッドで捕らえたメッセージは以下の通りです。
・WM_CANCELMODE
・WM_ENABLE (wParam = 0)
・WM_WINDOWPOSCHANGING (flags = &h0037 : SWP_DRAWFRAME Or SWP_NOACTIVATE Or SWP_NOZORDER Or SWP_NOMOVE Or SWP_NOSIZE)
・WM_ACTIVATEAPP (wParam = 1, lParam = 1)
・WM_DWMNCRENDERINGCHANGED (wParam = 1)
・unknwon (&hC1E4, RegisterWindowMessage)
直接的には最後のuMsgが&hC1E4の時にShownが呼び出されるようですが，
これ自体はRegisterWindowMessage APIで登録された値であると思われるため，
これをAPIがSendしているとは考えられず，この値をSendMessageしているコードがあると思われます。

また，それ以外のメッセージを投げてもOnShownは呼ばれませんでした。
.NETのソースコードを解析していけば，なぜShownが呼ばれるかが見つかるかもしれませんが，そこまでは解析していません。