仮面弁士さん、解答ありがとうございます。

なるほど、自作ソフト側でファイルを開く際に「読み取り専用」とか「他のプロセスからのアクセスを許可する」といった制御をさせるようにすればいいのでしょうか？
現在は以下のようなソースを記述していますが

 Dim Reader As New IO.StreamReader
_("C:\Work\output.txt", System.Text.Encoding.GetEncoding("Shift-JIS"))

これのIO,StreamReader以降を以下のように書き換えればよいのでしょうか。

("C:\Work\output.txt",
_System.IO.FileMode.Open,
_System.IO.FileAccess.Read,
_System.IO.FileShare.ReadWrite,
_System.Text.Encoding.GetEncoding("Shift-JIS"))

FileMode.Openで既存ファイルのを呼び出す
FileAccess.Read,で自作ソフト側からは読み取りのみ行う
FileShare.ReadWriteで他のプロセスからは読み書きを許可する
という理解であっていますか？

参考
http://msdn.microsoft.com/ja-jp/library/4z36sx0f(v=vs.80).aspx
http://msdn.microsoft.com/ja-jp/library/system.io.fileshare(v=vs.80).aspx