こんばんは。 
Fortranはわかりませんが、 
>2.次に、fortranのexeファイルにリダイレクションを用いて、VBで書き出した1のファイルを入力させる一行をバッチファイルに書き出す。 
この部分が具体的に何をしているか見えないとなんとも答えられないです。 

登場する要因が多いのでまずは問題を切り分けてみてはどうですか？ 
プログラムの実行の流れとしてはバッチ→VB→Fortranとなっています。 
最後のFortranでエラーになっているのであれば、Fortranが悪い可能性もあります。 
でも、Forranは正しく動いているのにVBがちゃんと「ファイル名や値」を渡せていない可能性もあります。この場合はVBが原因です。 
でも、VBもFotranも正しくでもバッチがうまくVBとFortranを連携できていない可能性もあります。この場合はバッチが原因です。 

この切り分けができないと、具体的な処理もわからないですし誰にも答えられないかもしれませんよ。 

>fortranのexeファイルをVBから実行するのに、このやり方ではまずいのでしょうか。 
わかりませんが、 
fortranとかVBとかは関係なく、exeになっている以上Windows共通の規則で動きますから入出力の連携はできるはずです。 
今回VBからFortranにどうやって値を渡そうとしているのですか？値は本当に正しく渡っているのですか？ 

Fortran側をデバッグしてどういう値が渡されているのかそれは想定した値なのか確認するとよいと思います。 

一般的にはexeの後ろにコマンドラインの形で値を渡して、受け取り側(Fortran)は起動されたときのコマンドラインを読み込むことで値を受け取ることになると思います。