fortranのexeファイルをTestFort1.exeとします 
> fortran77(cygwinで行っています。) 
というのに興味を持って調べてみたら、おぉ～。! 
Linux環境bashシェルで、TestFort1.exeを起動しているということでしょうか。または、コマンドプロンプト？ 

どちらにせよ、VBは(後回しだから)関係ないものとして 

$ TestFort1.exe < ファイル名 
と手動でキーインしてみてどうなのか、（cygwinだったらDOSのファイル名のドライブ指定が、特殊な文字列になるようですがちゃんとそうしているか） 
とかの情報をUPされるべきですヨ