前提を確認させてください。

>例えば　バージョンアップ(?)で前回作ったのを最新に変えてもらえるように
>最新ができた時に前作にメッセージを出して 使えなくさせる(?)ことってできますか？
前作も最新の両方残しておきたいけど、前作の方を起動した場合はメッセージを出してそれ以上は動作しないようにしたい。
ということでしょうか？

単純に、新作が出るたびに前作を上書きすればよいのであればインストーラーである程度制御可能だと思います。
この方法では通常のユーザーは何の問題もありませんが、パソコンに詳しいユーザーは上書きを回避して前作と新作の両方を使えるようにするということができてしまう場合があります。