一応前提は、起動時に最新バージョンがあるかを確認し、あれば、メッセージを表示し、起動させない
とのことで、続き回答します

Version.txt の中身は、現状のバージョンの数字です。１から順番に番号を増やします
サーバ上のVersion.txtをダウンロードして、現在のバージョン数字と比較します
例えば、Version.txtの中身が、数字の2として、起動しているプログラムのバージョンが1だとしたら、
If version >1 Then 
の部分で、2>1 で新しいバージョンがあることが判断できます
作成したコードは、form1に記述してください
 起動させない情報を入れる　　のところで、例えば、kidousasenai　=　1 とセットします
ログインボタンのところで、
If kidousasenai = 1 then Exit Sub 
プログラムを抜けさせて、ログイン動作を行わせないようにします

ただ、インターネットにつながらない場合（Version.txtを取得できない場合）は、どうするのかは
判断してください

kidousasenai　の変数の宣言は、Form1_Loadと、buttonの両方で使うので、

Dim kidousasenai as Integer
Private Sub Form1_Load(ByVal sender As Object, ByVal e As System.EventArgs) Handles Me.Load
Dim FTPEr as Integer

外側の部分に記述します（表現の仕方がわかりません）
こちらも素人なので、ベストな方法かどうかは、なんともです
ではでは　がんばってください