ん～　HttpWebRequest　どこにも使ってないのに、・・・。どの行でエラーになるか判りますですしょうか？

あと、パスワード認証の質問のところで、FTPではなく、HTTPでの方法を回答しています。
今回、FTPを使う必要性がないので、HTTPのほうがいいかと思います
書き直すと、以下のような感じです

Form2を、バージョンを判断して起動させます

    Dim kidousasenai As Boolean



    Private Sub Button1_Click(ByVal sender As System.Object, ByVal e As System.EventArgs) Handles Button1.Click



        If kidousasenai Then MsgBox("最新バージョンが存在する為起動できません") : Exit Sub

        Form2.Show()



    End Sub



    Private Sub Form1_Load(ByVal sender As Object, ByVal e As System.EventArgs) Handles Me.Load



        'httpで、ファイルをダウンロード 

        Dim wci As New System.Net.WebClient()

        Dim wcp As New System.Net.WebClient()

        Try

            wci.DownloadFile("http://あなたのサーバ名/data/version.txt", Application.StartupPath + "\version.txt")



        Catch

            MsgBox("ダウンロードエラーです")

        End Try



        wci.Dispose()



        'バージョン確認処理 

        If System.IO.File.Exists(Application.StartupPath + "\version.txt") Then

            Dim Reader As New IO.StreamReader(Application.StartupPath + "\version.txt")

            Dim version As Integer = Reader.ReadLine

            Reader.Close()



            If version > 1 Then

                MsgBox("最新バージョンが存在します")

                kidousasenai = True

            End If

        Else

            MsgBox("ファイルが存在しません")

        End If



    End Sub