るしぇさん、回答ありがとうございます。

>むしろクラスライブラリの出力ディレクトリを実行ファイル(EXE)の
>出力ディレクトリにすべき話では？

別のシステムでも使うことを考えて、出力先はスタートアッププロジェクトの出力先とは分けてあります。
また、教えていただいたAPIのリンク先ですが、私のレベルではまだ理解できませんでした。こちらの方はゆっくり理解していきたいと思います。

変な考えをしている部分もあると思いますが、今回私が対応した方法を以下に書いておきます。
初心者がこんな考えをしているのかという参考にでもなれば・・・（＾＿＾；



1.　まず、GetExecutingAssemblyでパスをとったことで、クラスライブラリのDLLがスタートアッププロジェクトのbinにも作成されているということを認知。その前までは、クラスライブラリのbinの方のDLLを使用していると思っていました。ここで、「なんで、EXCELは出力ディレクトリーにコピーするを常にコピーするにしてもコピーされないのだろう？？」と思う。（今もあまり釈然としない部分もありますが・・・）
2.　ここで、「今、ソリューションの中に入れているけど、そもそも既に作成済みの場合は、参照の追加でDLLを指定するんだよなぁ・・・。あれ、その場合、EXCELのファイルはDLLを指定しただけで取り込まれるわけないよなぁ。ってことは、スタートアッププロジェクトに追加しないといけない。スタートアッププロジェクトに追加しておけば今の問題も解決するじゃん」ということで、スタートアッププロジェクトに追加することにしました。
３．その後、Clickonceでの配信方法をネットで調べて、ビルドアクションを「コンテンツ」にしています。

とりあえず、今はこんな感じで設定しています。
また、なにか問題がでましたら、別のスレにて質問をさせていただきます。

あさん、るしぇさん、ありがとうございました。