> ・取得時のトリムが良く分かりません。説明して貰えると助かります。
char項目は後ろに不足数分の半角スペースが入ります。
RTrimで取得する(Select句)などして有効な文字列にトリムすると後の処理がしやすくなります。


>・仮に、今回の性別を都道府県に置き換えた場合「北海道、大阪、鹿児島」などのデータの桁数が微妙に違い場合のデータ構造の対処方法があれば教えて欲しいです。 
一番多い桁数に合わせます。
char(6)         固定長6byte
nchar(3)       固定長3文字
varchar(6)    可変長6byte
nvarchar(3)   可変長3文字
のどれでも格納は出来ます。PrimaryKeyでない場合nvarcharにしておいた方が処理が楽になります。
キー項目の場合はcharにしておいた方がインデックスが少なからず軽くなります。