＞プログラム終了する前にポートを閉じることができたら解決できると思います。
＞プログラムが終了する直前のイベントってことはサブクラス化が必要になるということでしょうか？

私自身は使ったことがないのですが
検索すると下記のイベントがあるようです。
サブクラス化は必要ありません。

Workbook_BeforeCloseイベント
http://www.relief.jp/itnote/archives/002947.php