そっちの方面には詳しくないのですが、D2XX ドライバを用いて
USB-パラレル+シリアル変換している、ということでしょうか。

だとしたら、.NET 側から見えているのは、あくまでも「シリアルポート」であって、
その物理的接続が USB なのか RS-232C なのかは関係無いのだと思います。

USB ポートにマウスが繋がれていれば、ポインティングデバイスと認識され、
USB ポートに HDD が繋がれていれば、マスストレージと認識され、
USB ポートにプリンターが繋がれていれば、プリンターだと認識されますが、
それと同じような話のように思えましたが…そういうことではないのかな。