こんにちは。
入門講座の卒業制作ではIE(Internet Explorer)の機能を使って各種ファイルを表示しています。
そのためIEが対応していないものは表示できません。

IEがpdfに対応しているかは、環境によって異なるようで私も把握していません。
Adobe Readerが入っていれば問題ないと思いますが、adobePro6というのはこれの上級版でしょうか？

卒業制作と関係なく、インターネット上でpdfファイルをクリックしたときに
IEに正しく表示されるのであれば卒業制作でも表示されると思います。
たとえば、経済産業省が公表している以下のページでpdfへのリンクをクリックしたときに意図どおり表示されますか？
http://www.meti.go.jp/statistics/tyo/genntihou/result-1/200926.html