何が聞きたいのか、漠然としすぎててよくわかりませんでした。
質問内容を整理し、ポイントを絞ったほうが回答が得られると思います。


＞を行う前に制御コードを取得し処理を考えております。電文の始まり、終わり、異常等様々な
＞制御コードがあるかと思うのですがどのように処理を行うのが良いのでしょうか。

プロトコルにより違いますので、そのプロトコルに合わせてください。
通常、どうにかして１つの電文のまとまり（Byte配列なり文字列なり）を作成し、プロトコルに
合わせて解析するという流れになると思います。