> それとも別ソフトのインストーラで作成しているのでしょうか。

うちの場合、自社でデータセンターを有しているので、主機能は Web Service として構築し、
ユーザー向けには、exe を ClickOnce で提供することが多いですね。ClickOnce なら、
依存コンポーネント(帳票ツールとか、ローカルキャッシュデータベース等)も配置できます。

配置時の署名に際しては、認証機関から購入したコードサイニング証明書を使うこともあれば、
自社作成の証明書を使うこともあります。また、Web サービスへのアクセスは、基本的には
SSL で通信させていますが、個人情報を扱うようなアプリケーションの場合には、
それに加えてクライアントSSL証明書を導入しているケースもあります。


ただし Web Service を必要としない、クライアントサーバー型やスタンドアロン環境に対しては、
業務開発ということで、有償の InstallShield を使うケースもあります。
また、その無償版の InstallShield Limited Edition も利用可能ですね(私は使った事が無いですが)。
ただ、最近のコンポーネントは Side-by-side で配置できるものばかりなので、
ユーザーが PC に不慣れな場合を除いては、大抵は XCOPY 配置で済ませています。

無償ツールと言えば、WiX/WiXEdit あたりが有名ですね。
これも Windows Installer をベースとしています。
http://wix-tutorial-ja.github.io/

(注) "WiX" と "Wix" を混同しないようご注意ください。
　前者は配置パッケージツールの名前ですが（Windows Installer XML toolset）、
　後者は Webサイトを構築するためのクラウド型 CMS の名前です。