先の Query2 で、Predicate を使わずに単純化したものも載せておきます。

'    (   [ID] IN (     '001',    '002') )  

' OR ( [NAME] IN ('ライオン', 'コアラ') )  

' OR ( [DESC] LIKE '%長い%'             )  

'  

Dim Query2改 = From row In MstDtTbl

     Where IdList.Contains(row.Field(Of String)("ID")) _

     OrElse NameList.Contains(row.Field(Of String)("NAME")) _

     OrElse row.Field(Of String)("DESC") Like DescLike

     Select New With {

         Key .NAME = row.Field(Of String)("NAME"),

         Key .DESC = row.Field(Of String)("DESC")

     }

※ Key を付けるかどうかはお好みで。


上記の場合、ID/NAME/DESC いずれかの条件に一致したものが抽出されます。
Linq の記述は変更せず、渡すリストを

　Dim IdList As New List(Of String)() From {"001", "002"}

　Dim NameList As New List(Of String)()　'要素なし 

　Dim DescLike As String = ""　'該当なし 

にしてやれば、ID だけでの検索となります。


条件のどこまでを動的とするのかにもよりますが、
まずは YuO さんが書かれていたように、List.Contains
あるいは Array.IndexOf を使うところから
始めてみるのが良いと思います。