> こういう場合は設定インスタンスはメインフォームでのみ変更するようにするのでしょうか
設定インスタンスが持つ情報が何であるのかを説明してもらわないと回答できません。

ただ、DataGridView を例に取って、設定インスタンスというのを
セルの設定情報(DataGridViewCellStyle クラス)だと読み替えれば、

・設定インスタンスを管理するのは DataGridView (またはそれぞれのセル)の役割。フォームでは無い。

・設定情報を書き換えるのは、フォームの役割。DataGridView が自身のセルスタイルを勝手に書き換えたりはしない。

という事が言えるかと思います。


> セルクラスは各行クラスをBYREFで参照していますし
> 各行クラスは全行クラスをBYREFで参照しています

ByRef で参照させている理由を説明することはできますか?
それが分かれば、社会人さんのコードが適切であるかどうかが見えてきますし、
もし適切でないならば、どのように修正すべきかを考察できるかも。