魔界の仮面弁士様、

返答ありがとうございます。
そして返事が遅くなり申し訳ございません。

実際のところ、躓いているＵＲＬは、ラクマとうフリマサイトの出品画面になります。
ログインが必要な為サンプルＵＲＬとしてお伝えできませんでしたので他に同じような動きをするＵＲＬを探したのですがみつかりませんでした。

似たような動きとして、

http://rakuma.rakuten.co.jp/search/

こちらの右上にある検索のテキストボックスの挙動なのですが、こちらは、InnerTextでセットすると検索ボタンを押しても何も入力されていない結果が出て、SetAttribute("value", "ｘｘｘｘｘ")　でセットすると検索文字列として検索できます。

ただ今までもこのようなSetAttributeで解決することは何度かあったのですが、今回はダメでしたので、こちらはサンプルとしては違うかもしれません。

いただいたＵＲＬの情報をもとに、ＩＥのバージョンでも試してみましたが特に変化はみうけられませんでした。
なにかお気づきのてんがございましたら、教えていただけると助かります。
よろしくお願いいたします。