Excel の Web クエリを使うという手もありそうです。
https://support.office.com/ja-jp/article/Web-%E3%83%9A%E3%83%BC%E3%82%B8%E3%81%8B%E3%82%89%E5%A4%96%E9%83%A8%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%82%92%E5%8F%96%E5%BE%97%E3%81%99%E3%82%8B-708f2249-9569-4ff9-a8a4-7ee5f1b1cfba


> 複数のテーブルがあるhtmlを読み込んで

table 内に別の table が入れ子になっていた場合や、
行方向にマージされたテーブルについては、
どのように取得したいのでしょうか?

DataTable 型のフィールドや Relations を使えば
DataSet/DataTable での多層テーブルも表現できますが、
行や列のマージまでは表現しきれませんよね。


> それぞれのテーブルをDataTable等に落としこむには

たとえば、Microsoft.Ace.OLEDB.12.0 プロバイダの
ISAM エンジン(HTML Import)を使うという手があります。

Dim ds As New DataSet()



Dim url = "http://rucio.cloudapp.net/NewComment.aspx?ThreadId=30186"

'Dim url = "http://monitoring.tokyo-eiken.go.jp/monitoring/hourly_data.html" 

My.Computer.Network.DownloadFile(url, "C:\temp\test.html", "", "", True, 100, True)



Dim charSet As Integer = 65001

Dim connectionString = "Provider=Microsoft.Ace.OLEDB.12.0;Data Source=C:\temp\test.html;Extended Properties=""HTML Import;IMEX=1;HDR=NO;CharacterSet=" & CStr(charSet) & ";"""



Using conn As New System.Data.OleDb.OleDbConnection(connectionString)

    conn.Open()



    Dim q = conn.GetSchema("Tables").AsEnumerable()

    Dim tblList = q.Select(Function(r) r.Field(Of String)("TABLE_NAME"))



    For Each tableName In tblList

        Dim sql = "SELECT * FROM [" & tableName & "]"

        Using adapter As New System.Data.OleDb.OleDbDataAdapter(sql, conn)

            adapter.Fill(ds, tableName)

        End Using

    Next

    conn.Close()

End Using

> 手動で解析するしか無いのでしょうか

HTML 解析ツールをお探しなら、有名どころで Html Agility Pack とか。
http://stackoverflow.com/questions/10513529/getting-data-from-html-table-into-a-datatable
http://www.atmarkit.co.jp/ait/articles/1501/27/news140.html
http://vb.xn--netde-rm4dun6em173aog4b.com/321.htm