うーん，パケット区切りがわからない，というのが問題なわけですから，
送信側も受信側も透過モードをやめてAPIモードで送出すれば良い気がしますが……。
もちろん，APIモードでの送受信は透過モードよりもややこしくなりますが，
XBee自体の機能としてパケット区切りがわかるようになる機能があるのですから，自分で実装する必要はないと思います。

一応，透過モードで送ってAPIモードで受信とかその逆も出来ますが，
透過モードだと明示的なパケット区切りがわからないため，両方APIモードで運用する必用があります。