いろいろなやり方があるとは思いますが、
たとえばこんな手順的は如何でしょう。（サンプルコードは掲載しないでおきます）

(1) ローカル変数に受信した X, Y データを、フィールド変数に保持しておきます。
　受信処理が複数回行われた場合に備え、コレクションで管理する必要がある場合は、
　Queue(Of ) などを利用できるかと思います。
　※ Invoke / BeginInvoke は使いません。

(2) Timer1_Tick が呼ばれたら、(1) で保存していたデータを取り出して
　ファイルに保存します。この保存の方法としては：
　　<A案> ファイルには「追記」モードで記述し、書き込み終わった分は(1)から取り除く。
　　<B案> ファイルは毎回「新規作成」し、今まで受信した分すべてを毎回作り直す。
　などのパターンがあります。


なお、データ受信のスレッドと、そのデータを利用する（この場合はファイル出力）スレッドが
異なっていますので、何らかの同期制御も必要になります。
（たとえば SyncRoot プロパティを SyncLock するなど）