送信側というのは

どのように送信をしているのでしょうか？
シリアル通信をする場合、
要求を出して返答して終わりを繰り返す場合と
絶えずデータを流し続ける場合があるかと
思います。
今回は後者なのでしょうか？
だとすると送信側は受信側の状態に関わらず
一定間隔でデータを出しているはずなので

初期データ取得時間 + 受信バイト数(ブロック数) * 送信間隔

で時間を求めるのがよいと思います。処理しきれないデータが
発生してきたら廃棄し初期データ取得時間も更新するようにして
いくとよいと思います。